বাংলাদেশ জামায়াতে ইসলামীর কাঠামো তিন স্তরের সাজানো হয়। নীতিনির্ধারণী ফোরাম কেন্দ্রীয় স্তর হচ্ছে মজলিসে শূরা। শূরা নির্বাচনে অভ্যন্তরীণ ভোটগ্রহণ চলছে। সারা দেশের রুকনদের প্রত্যক্ষ গোপন ব্যালটে এই ভোটগ্রহণ কার্যক্রম চলমান রয়েছে। পুনর্গঠনের বিশেষ দিক হলো নায়েবে আমির পদে এ টি এম আজহারুল ইসলামকে ১ নম্বরে রাখা। একাত্তরে মানবতাবিরোধী অপরাধের মামলায় প্রায় ১৩ বছর কারাবন্দি থাকার পর মৃত্যুদণ্ডাদেশপ্রাপ্ত এই নেতা ৫ আগস্টের পটপরিবর্তনের পর খালাস ও মুক্তি পান। গত বছরের ২৩ নভেম্বর কেন্দ্রীয় মজলিশে শুরার প্রথম অধিবেশনে তাকে নায়েবে আমির করা হয়।

জামায়াতের গঠনতন্ত্রের ২০ ধারার ৪(ক) উপধারায় বলা হয়েছে, সারা দেশের সদস্যরা (রুকন) বিদায়ি কর্মপরিষদ/নির্বাহী পরিষদ কর্তৃক নির্ধারিত জামায়াত রুকনদের আনুপাতিক হার মোতাবেক মজলিসে শূরার সদস্য নির্বাচন করবেন, কিন্তু কোনো সাংগঠনিক জেলা প্রতিনিধিত্ব থেকে বঞ্চিত হবে না।

আরো পড়ুন , স্থানীয় নির্বাচনে এনসিপি ও জামায়াতের আলাদা প্রার্থী ঘোষণা

সূত্রমতে, সারা দেশে লক্ষাধিক সদস্যের (রুকন) সরাসরি ভোটে আগামী ২০২৬, ২০২৭ ও ২০২৮ এই তিন বছরের জন্য ১৮০ জন শূরা সদস্য নির্বাচিত হবেন। এছাড়া আমিরে জামায়াত কিছু সংখ্যক সদস্যকে শূরার সদস্য হিসাবে মনোয়ন দিতে পারবেন। তবে তার সংখ্যা নির্বাচিত সদস্যদের সংখ্যার শতকরা ৫ ভাগের বেশি হবে না। 

জামায়াতের অন্যতম সহকারী সেক্রেটারি জেনারেল মাওলানা এটিএম মাসুম এই নির্বাচনে প্রধান নির্বাচন কমিশনারের দায়িত্ব পালন করছেন। অক্টোবরে সারা দেশে রুকনদের ভোটে ইতোমধ্যে আমিরে জামায়াত নির্বাচন সম্পন্ন হয়েছে। যাতে বর্তমান আমির ডা. শফিকুর রহমান ২০২৬-২৮ মেয়াদের জন্য তৃতীয়বারের মতো দলের আমির নির্বাচিত হয়েছেন।